Archiv des Priesterseminars St. Stephan:
Laufzeit: 19. bis 20. Jahrhundert.
Inhalt: Seminargebäude, Seminaristen, mittelalterliche und neuzeitliche Handschriften der früheren Ordinariatsbibliothek.
 

Archive der Knabenseminarien St. Maximilian und St. Altmann:
St. Maximilian: Archivsplitter aus der letzten Phase des Seminars.
St. Altmann: Restbestand bei der Auflösung des Seminars übernommen (ungeordnet).
 

Archiv der Philosophisch-Theologischen Hochschule:
Laufzeit: 19. bis 2. Hälfte 20. Jahrhundert.
Inhalt: Hochschulleitung, Professoren, Studenten.
 

Pfarrarchive:
Die Archive der meisten Pfarreien der Diözese (wichtige Ausnahme: Altötting).
Laufzeiten: Zumeist Überlieferung von einiger Dichte ab ca. 1780 bis in die 2. Hälfte des 20. Jahrhunderts.
Inhalte: Akten der Pfarramtsverwaltung, der Pfründe, der Kirchenverwaltung, der Schulaufsicht, des Armenwesens, Kirchenrechnungen (meist geordnet).