Das Archiv des Bistums Passau ist aus dem Diözesan- oder Ordinariatsarchiv Passau, so die älteren geläufigen Benennungen, erwachsen. Am 20.10.1980 übergab Bischof Dr. Antonius Hofmann das heutige Archivverwaltungsgebäude mitsamt dem neuerbauten Magazintrakt seiner Zweckbestimmung und erteilte der neuerrichteten Institution den Auftrag, alle kirchlichen Einrichtungen der Diözese zu betreuen. Diese Aufgabenstellung bestimmt heute Struktur und Umfang der archivischen Bestände, denn seit 1980 wurde die Masse der Pfarrarchive der Diözese mitsamt den Pfarrbüchern nach Passau zentralisiert. Die neuen Bestände und Aufgaben lagern sich um den jahrhundertealten Kern der Vorläuferinstitution an, der heute als Bestand Ordinariatsarchiv geführt wird. Dort liegen aber bei weitem nicht alle Archivbestände, die in der Verwaltung des Fürstbistums Passau sowie bei den geistlichen Körperschaften vor der Säkularisation erwachsen sind.

Die bedeutendere Registratur, die des Hofrats, der für die Verwaltung des Hochstifts Passau zuständig war und zugleich dem Passauer Fürstbischof als oberstes Leitungsorgan für alle seine Aufgaben diente, ging mit der Säkularisation in den Besitz des heutigen Freistaats Bayern über (allerdings befinden sich die Jahrgänge 1536-1611 [ohne die Jahrgänge 1562, 1577, 1601] der Hofratsprotokolle in der Staatlichen Bibliothek Passau). Gleichfalls säkularisiert wurde die Registratur des Domkapitels. Die Akten zur Wallfahrtskirche Mariahilf sowie zum Passauer Dom wurden aber ausgeschieden und verblieben dem neuen Domkapitlischen Archiv.

In der Hofratsregistratur war offenbar auch die unmittelbar bei den Bischöfen entstandene schriftliche Überlieferung verwahrt worden, selbst wenn sie geistliche Angelegenheiten betraf. Diese wurde bei der Säkularisation nicht ausgeschieden. Von der Säkularisation mit erfasst wurden die mittelalterlichen Urkunden, die im Geschäftsbereich des Geistlichen Rates entstanden waren, offenbar aber schon vor 1680 in der vom Stadtbrand nicht betroffenen Registratur des Hofrats verwahrt wurden.

Aus der Registratur des Geistlichen Rats, der Behörde der geistlichen Diözesanverwaltung, ist das Ordinariatsarchiv erwachsen. Sein Überlieferungsbeginn ist das Jahr 1680, da der zweite Passauer Stadtbrand vom 29.07.1680 das ältere Material der Geistlichen Rats-Registratur vernichtete. Das Schriftgut der geistlichen Verwaltung für das niederösterreichische Diözesangebiet befand sich dort allerdings nie. Bereits im 14. Jahrhundert war die Diözese Passau verwaltungsmäßig in zwei Teile aufgegliedert worden, in die Offizialate ob und unter der Enns. Das Offizialat unter der Enns, im Prinzip mit Niederösterreich deckungsgleich, hatte in Wien einen eigenen Verwaltungssitz mitsamt eigener Registratur, die das anfallende Schriftgut verwahrte. Dieses ging nach der Diözesanabtrennung 1783/85 an die Tochterbistümer Wien und St. Pölten (viele Protokoll-Doubletten des unterennsischen Konsistoriums in Passau). Die Pfarrakten (Lokalakten) zu den Pfarreien des Linzer Tochtersprengels, der als Teil des Offizialates ob der Enns von Passau aus verwaltet worden war, wurden damals gleichfalls abgegeben und sind heute in Linz.

In Passau verblieben jedoch die Generalakten und -amtsbücher, die auch über heute oberösterreichische Pfarreien Auskunft geben. Daneben sind hier einige wenige Archivalien zu niederösterreichischen Pfarreien überliefert. Da der Geistliche Rat nur für die Diözesanverwaltung zuständig war, spielt die Säkularisation für seine Bestandsgeschichte keine wesentliche Rolle. Die Akten wurden ohne Unterbrechung weitergeführt, außer die historischen Veränderungen erforderten neue Akten. Das Bayerische Konkordat von 1817 schied zwar zwischen Registratur und Archiv, tatsächlich blieb aber in Passau die gesamte Schriftgutverwaltung - auch bei Umzügen - auf lange Zeit in einem Raum und in einer Hand.

Mit dem Beginn des 20. Jahrhunderts wurde ein Schnitt gezogen: Die älteren Akten verblieben in der Systematik, die sie bei der Archivordnung der Jahre 1780-1782 erhalten hatten und wurden nun als Archiv angesprochen. Das jüngere Schriftgut, ab etwa der Mitte des 19. Jahrhunderts, wurde als Registraturgut in ein vom Archivraum abgeteiltes Registraturkabinett übernommen und gemäß einem Aktenplan geordnet. Dieser blieb bis in die Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg gültig. Die Akten dieser Periode sind seit der Neueinrichtung der Registratur (1983) im Archiv. Die archivische Tradition hat 1933 mit dem Tod des langjährigen Generalvikars Dr. Ludwig Heinrich Krick (1843-1933) eine Unterbrechung erfahren. Daher begann 1937 eine etwa 25-jährige Phase der Umorganisation, von der etwa ein Drittel des Gesamtumfangs des Ordinariatsarchivs erfaßt wurde. Zumeist nur dieser Teil wurde von der zeitgenössischen Forschung rezipiert. Heute steht wieder der Gesamtbestand geordnet zur Verfügung.